Kerteminde Kommune ejer området, men det drives i en 25 års aftale af foreningen Kerteminde Jollehavn. En havneplads i Kerteminde Jollehavn er dermed også et foreningsfællesskab. Jollehavnen er opdelt i tre områder yderhavn, inderhavn og kajplads. De tre områder er forskellige. Pladserne inden for et område kan også være forskellige. Da medlemmerne også har forskellige ønsker og behov tilbydes ledige pladser først medlemmerne ved rokering. Rokering foregår efter anciennitet målt på medlemsskabets startdato. De pladser der efter en gennemført rokering er ledige, tilbydes nye medlemmer.Yderhavn har 20 pladser. Her er der modsat inderhavn ingen restriktioner på, hvilken type båd der kan få plads. Ofte ønsker medlemmerne at flytte her fra og til inderhavn. Nye medlemmer må forvente, at en plads starter fra yderhavn.Inderhavn har 52 pladser. Her tilstræbes det at hovedparten af bådene er åbne joller. Der er dog også plads til mindre kabinebåde.Kajplads er langsiden af inderhavn ud mod selve havnen. Her er ganske få pladser, som giver mulighed for større både.Fiskerhusene tilbydes i leje for medlemmer uanset hvor de har plads. Enkelte af husene er fra havnens start udlejet som halve eller hele huse. Langt hovedparten er opdelt i kvarte huse. Tildeling og rokering sker også efter anciennitet. Fælleshus og handicaptoilet er til rådighed for alle medlemmer. Når medlemsskab indgås udleveres en adgangsgivende nøglebrik. Medlemmer har mulighed for, efter nærmere bestemmelser, at leje fælleshuset.
